CpG-eilanden (engl.: CpG islands) zijn gebieden in het genoom van Eukaryoten met een statistisch hogere CpG-dinucleotidedichtheid. De dichtheid heeft betrekking op het voorkomen van nucleotiden- en dinucleotiden in het totale genoomgedeelte. CpG betekent Cytosin-phosphatidyc-Guanin. De p (in het Nederlands f van fosfaat) wordt aangegeven om beter onderscheid te kunnen maken tussen het CG-gehalte van een DNA-streng en de CG-basenparing van een DNA-dubbelstreng. De p staat hier voor de fosfodi-esterbinding tussen de nucleosiden cytidine en guanosine. Een CpG-plaats (CpG-dinucleotide) is een gebied waar een cytosine gevolgd wordt door een guanine in de 5' → 3' richting. CpG-eilanden zijn DNA-gedeelten met een lengte van de eukaryotische promotor van 0,5 kb tot 2 kb basenparen en die een verhoogd GC-gehalte hebben van meer dan 60 %. Het GC-gehalte van het hele genoom is 41 %. CpG-eilanden ontstaan door mechanismen, die te maken hebben met de exploitatie van het genenmateriaal als informatiedrager.
Een stukje DNA met CpG plaatsen (CpG-dinucleotiden) op de ene streng en op de andere streng kan als volgt worden weergegeven:
5' | --- | A | T | G | C | C | G | T | T | A | G | A | C | C | G | T | T | A | G | C | G | G | A | C | C | T | G | A | C | → | 3' |
3' | ← | T | A | C | G | G | C | A | A | T | C | T | G | G | C | A | A | T | C | G | C | C | T | G | G | A | C | T | G | --- | 5' |
De C G onderelkaar is een basenparing.
CpG-eilanden zijn belangrijke markeringen voor bijvoorbeeld de genetica, geneeskunde en bio-informatica.